Progesteron có chung các tiềm năng độc tính của các progestin. Nên khám vú, khám các cơ quan trong khung chậu, kiểm tra test Papanicolaou (phết lam kính Pap) trước khi cho dùng progesteron.
Progesteron có thể làm trầm trọng thêm một số bệnh do giữ nước, muối khoáng (như hen, động kinh, đau nửa đầu, suy tim, suy thận).
Cần thận trọng với những người có tiền sử trầm cảm. Cần ngừng thuốc nếu trầm cảm tái phát ở mức độ nặng trong khi dùng progesteron.
Chưa xác định được ảnh hưởng của sử dụng progesteron kéo dài đến chức năng tuyến yên, buồng trứng, tuyến thượng thận, gan và tử cung.
Cần thận trọng ở phụ nữ đái tháo đường do progesteron phối hợp với estrogen đã làm giảm dung nạp glucose. Progesteron có thể che lấp thời điểm bước vào mãn kinh.
Cần cảnh giác về những dấu hiệu sớm của rối loạn về tắc mạch huyết khối và nghẽn mạch (như viêm tĩnh mạch huyết khối, nghẽn mạch phổi, suy tuần hoàn não, tắc mạch vành, huyết khối võng mạc, huyết khối mạc treo ruột). Phải ngừng thuốc ngay khi nghi ngờ hoặc xảy ra rối loạn nào đó trong số nói trên.
Nếu có hiện tượng mất hoặc giảm thị lực đột ngột hay từ từ, lồi mắt, song thị, phù gai thị, tổn thương võng mạc, đau nửa đầu, phải ngừng thuốc và tiến hành ngay các phương pháp chẩn đoán và điều trị. Progesteron chuyển hóa ở gan nên phải rất cẩn thận với người bệnh suy gan.