Bệnh sùi mào gà là do một số chủng virus HPV (Human Papilloma Virus -Vi-rút gây u nhú ở người) gây ra, thường gặp nhất là HPV chủng 6 và 11, hay chủng 16, 18. Ngoài ra còn có hơn 150 chủng vi-rút HPV khác cũng có thể gây bệnh nhưng với tần suất thấp hơn, trong đó có ít nhất 40 chủng thường gây bệnh ở cơ quan sinh dục. Chúng phát triển ở các vùng da của cơ thể, thường là vùng sinh dục, hậu môn và có thể ở lưỡi, miệng, cổ họng với những người có sinh hoạt tình dục bằng miệng. Đôi khi chúng đi vào trong niệu đạo (lỗ tiểu) hay xuống bìu, đùi, 2 bên háng.
Nam giới lây bệnh chủ yếu là qua đường tình dục, cụ thể là khi giao hợp xâm nhập hoặc các hành vi tình dục có sự tiếp xúc trực tiếp sang thương (nốt sùi) và dịch tiết của sang thương. Ngoài ra, một tỷ lệ nhỏ các trường hợp sử dụng chung dụng cụ vệ sinh, bàn chải, quần áo, khăn tắm hay vô tình tiếp xúc với sang thương sùi của người bị bệnh. Ban đầu, virus xâm nhập vào da và niêm mạc nhưng có thể không gây bệnh liền. HPV có thể tiềm ẩn trong cơ thể khoảng 3 tuần (thời gian ủ bệnh), thậm chí lên đến 8 tháng trước khi xuất hiện triệu chứng.
Nguy cơ mắc sùi mào gà sẽ tăng lên nếu người bệnh quan hệ với nhiều người khác nhau mà không có biện pháp an toàn tối thiểu như bao cao su. Hệ thống miễn dịch suy yếu (ví dụ như người bị HIV hoặc sử dụng thuốc chống thải ghép khi cấy ghép nội tạng) cũng là một điều kiện cho bệnh lý sùi mào gà phát triển mạnh.